儿子擅自更改父亲房产证不合法。依据《物权法》，不动产物权变更需登记才有效，擅自更改无效。不及时处理，可能导致产权纠纷及法律责任。
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常见处理方式为申请更正登记或诉讼。若父子关系和谐，可协商后向登记机构申请更正；若存在争议，应通过法律途径解决。
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擅自更名无效。处理方式：1.协商更正：父子协商后，向房产登记部门申请更正。2.法律诉讼：若协商无果，父亲可提起诉讼，要求确认更名无效，恢复原登记。