母子关系证明可通过多种途径开具，即使户口不在一起。
分析说明：在法律上，母子关系证明通常用于办理继承、户籍迁移、出国签证等事务。若母子户口不在一起，可尝试以下方法：首先，前往户籍所在地的派出所或公安局，查询并申请调取原始的户籍底册，其中可能包含母子关系的记录；其次，若存在出生证明、亲子鉴定报告等直接证据，也可作为母子关系的有效证明；最后，若以上方法均不可行，可尝试通过法院诉讼程序确认母子关系，但此方法较为繁琐且成本较高。
提醒：当涉及重大利益分配或法律纠纷时，若无法提供有效的母子关系证明，可能引发严重后果，建议及时咨询专业律师。
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具体操作如下：
1. 若选择调取户籍底册，需携带身份证、户口本等有效证件，前往户籍所在地的派出所或公安局申请查询。
2. 若提供出生证明，应确保其为正规医院出具，并加盖公章。对于领养关系，需提供领养证明文件。
3. 若选择亲子鉴定，应选择具有司法鉴定资质的机构进行鉴定，并获取正式的鉴定报告。
4. 若涉及法律纠纷或争议，且其他方式无法证明母子关系，可考虑向法院提起诉讼，通过司法程序确认关系。在此过程中，需准备充分的证据材料，并遵循法院的诉讼程序。
请注意，具体操作可能因地区、机构及具体情况而有所不同，建议在办理前咨询相关部门或专业律师。
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常见处理方式：
从法律角度，开具母子关系证明的常见方式包括：1）向户籍所在地的公安机关申请调取户籍底册；2）提供出生证明、领养证明等官方文件；3）进行亲子鉴定；4）在必要时，通过法院诉讼程序确认关系。
选择不同处理方式时，应考虑证据的权威性、获取难度及成本。例如，户籍底册和出生证明通常较为权威且易于获取，而亲子鉴定和法院诉讼则可能涉及较高成本。