在房屋被水淹的侵权赔偿案件中，若法院指定的评估机构无法评估损失，根据《民事诉讼法》及相关司法解释，你可以尝试以下几种方式：首先，申请法院重新指定评估机构；其次，提供尽可能详细的损失清单和相关证据，辅助法院和评估机构进行估价；最后，若仍无法评估，法院可能会根据案件情况，结合双方陈述、证据及公平原则，酌定赔偿金额。法律依据为《民事诉讼法》第七十九条，当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定。
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若评估机构无法评估损失，一般情况下，不建议自行找第三方机构评估。应首先向法院说明情况，并申请法院重新指定或采取其他措施。若法院同意，或在特定情况下（如双方协商一致），可考虑自行找有资质的第三方机构评估，但评估结果需经法院认可，并作为裁判依据。请注意，自行评估的结果可能不被法院采纳。
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从法律角度，要确保损失得到合理赔偿，可采取以下措施：首先，及时收集并保存与损失相关的证据，如照片、视频、维修发票等；其次，向法院申请评估，并积极配合评估机构的评估工作；若评估机构无法评估，可申请法院重新指定或采取其他合法措施；最后，在诉讼过程中，充分陈述损失情况，并提供有力证据支持，争取法院作出公平裁决。